La necesidad para Control y Análisis ambiental se aplica en 3 fases:
Las materias primas precisan análisis de la microflora natural antes del proceso de fabricación
Durante el procesado de los alimentos, los microorganismos pueden destruirse por calentamiento u otros métodos -
En algunos procesos alimentarios, pueden añadirse microorganismos como en la fermentación
La condición del producto final se analiza para detectar microorganismos indicadores, patógenos y toxinas